Évolution des séquences non-codantes : influence du contexte génomique

Les genomes de mammiferes se caracterisent par une tres forte heterogeneite compositionnelle. Cette structuration en bases G+C conditionne l'organisation et la structure de l'information genetique. Afin de determiner dans quelle mesure les processus mutationnels (nature des mutations) ont participe a la mise en place des differences structurales intra genomiques, nous avons etudie l'evolution de sequences non contraintes, les retropseudogenes, inserees dans des differentes regions du genomes humains. Ils sont, en grande majorite, inactifs des leur insertion dans le genome. Nous avons developpe differentes procedures pour acquerir toute l'information liee aux sequences de retropseudogenes dans les banques de donnees de sequences nucleotidiques. L'une d'entre elles permet d'identifier les retropseudogenes dans les grands fragments genomiques non annotes. Nous avons egalement developpe un logiciel, JaDis, dedie a l'analyse comparative de sequences pour comparer les retropseudogenes aux sequences des genes fonctionnels. Nos travaux ont montre que les genes fonctionnels qui generent les retropseudogenes ont des caracteristiques structurales et evolutives particulieres. De plus, l'insertion des retropseudogenes n'est pas aleatoire dans le genome, mais au contraire semble etre isopycnique (isopycnique fait reference a l'homogeneite de composition en bases entre la sequence inseree et le site d'insertion). D'apres le "pattern" de substitution, les retropseudogenes presentent un biais mutationnel vers les bases A+T. Ce biais est different selon le contexte d'insertion du retropseudogene et aboutit a des frequences en bases G+C a l'equilibre superieures pour les retropseudogenes inseres dans les contextes les plus riches en bases G+C. Les variations de ce biais mutationnel le long du genome peuvent donc expliquer le maintien de la structuration en isochores dans les genomes de mammiferes.