Caracterisation et clonage de molecules d'arn defectives chez le coronavirus de la gastro-enterite transmissible porcine

Le travail realise au cours de cette these a permis la mise en evidence d'un certain nombre de molecules defectives naturelles chez le coronavirus porcin responsable de la gastro-enterite transmissible (tgev). Ce virus monocatenaire de polarite positive, polyadenyle en 3 et coiffe en 5, appartient a la super-famille des nidovirales. Son genome extraordinairement grand, le plus grand actuellement decrit chez les virus a arn, est capable de generer un cycle replicatif de maniere entierement cytoplasmique. Il n'a pas encore ete possible d'obtenir un adnc infectieux, excluant par-la meme les approches de genetique inverse chez les coronavirus. L'obtention et l'utilisation de molecules defectives permettent de pallier en partie cette absence d'adnc infectieux chez les coronavirus. Nous avons pu ainsi caracteriser plusieurs molecules d'arn defectives, d'une part sur le plan de leurs structures internes, et d'autre par sur celui de certaines de leurs proprietes, notamment celles de leur propagation en cultures cellulaires, ainsi que la capacite pour certaines d'entre elles a se repliquer. Plus precisement, ce travail de these a permis l'obtention de resultats qui peuvent s'articuler autour de trois domaines majeurs. Le premier etant la mise en place d'une approche originale et adaptee pour l'amplification de tres longues molecules d'arn (rt-pcr), pouvant aller en taille jusqu'a une vingtaine de kilobases. La deuxieme partie des resultats, est relative au clonage de deux molecules defectives d'arn de 8 a 9 kb. Ces arns semblent se presenter comme des intermediaires de recombinaison, et se comporteraient a la facon de molecules de transition entre les differents produits de recombinaison lors de la replication. Et enfin le dernier des domaines abordes, consiste en la mise en evidence et la caracterisation d'un arn defectif interferent (di) de tres haut poids moleculaire (22 kb), ayant des proprietes certainement autoreplicatives, et soumis a l'influence probable du type cellulaire dans lequel il se propage. Enfin, ce travail a permis d'avancer de nouvelles hypotheses d'ordre plus general, d'une part quant aux mecanismes lies a la formation et a l'evolution de molecules defectives interferentes (di) au cours d'une infection virale par les coronavirus, et d'autre part du point de vue des phenomenes de recombinaison, inherents a la complexite de leur replication.