Identificação e padrões de expressão de transcritos derivados de RNA-Seq : caracterização molecular do fungo Moniliophthora perniciosa, causador da vassoura-de-bruxa do cacaueiro

As tecnologias de sequenciamento de segunda geracao geram um grande numero de sequencias em um curto espaco de tempo e com baixo custo. O sequenciamento em larga escala de cDNA, conhecido como RNA-seq, tem permitido analises precisas de transcriptomas inteiros sem a necessidade de conhecimento previo sobre sequencias genomicas, conforme exigido pela tecnologia de microarranjos. No entanto, existem muitas discussoes sobre os metodos utilizados para o alinhamento de reads, identificacao de genes diferencialmente expressos e montagem de transcriptomas. Desde 2000, o Laboratorio de Genomica e Expressao (LGE), tem estudado a doenca da vassoura-de-bruxa do cacaueiro (Theobroma cacao), que e causada pelo fungo basidiomiceto Moniliophthora perniciosa. Recentemente, 54 bibliotecas RNA-seq da interacao planta-patogeno foram sequenciadas pelo nosso grupo, a fim de ajudar na elucidacao da complexa biologia da doenca. Desta forma, este trabalho tem como objetivo gerar informacoes sobre o perfil de transcricao do M. perniciosa e do T. cacao durante a doenca vassoura-de-bruxa. Os resultados estao divididos em tres secoes principais, sendo que na primeira apresentamos uma analise de alinhamento e expressao genica nas condicoes e tecidos amostrados. Na segunda, analisamos o estagio inicial da doenca, conhecido como vassoura-verde, onde atraves da analise de expressao diferencial identificamos genes relacionados aos mecanismos de interacao entre o cacaueiro e o fungo M. perniciosa. Na ultima secao, desenvolvemos uma estrategia para identificar sequencias de possiveis RNAs nao codificantes longos (lncRNA) e aplicamos esta estrategia no fungo M. perniciosa. De uma maneira geral estes dados apresentam um importante avanco no estudo desta doenca e poderao ser utilizados em trabalhos futuro. Abstract