ENSAMBLAJE Y PUESTA EN MARCHA DE UNA ESTACIÓN DE PROCESAMIENTO DEALTO RENDIMIENTO PARA EL DESARROLLO DE LABIOINFORMÁTICA

La bioinformatica es una novedosa rama de las ciencias biologicas, querequiere de una alta capacidad de almacenamiento y procesamiento computacional. Este trabajo presenta la instalacion de unaestacion de procesamiento para la ejecucion de herramientas bioinformaticas enINDICASAT–AIP, Panama. Se trata de un sistema de computacion paralela, una de las variantes para alcanzar un alto rendimiento a costos relativamente accesibles. Esta tecnologia se basa en el procesamiento distribuido y no requiere de hardware especializado. El sistema que se presenta es unclusterde tipo Beowoulf e implica la integracion de computadoras comunes, que se convierten en nodos. Dichos nodos son conectados a traves de una red convencional, pero el sistema es configurado de manera que funcione como una unica estacion de trabajo.Todos los nodos cuentan con un procesador Intel Core i7, 8 Gb de memoria RAM y discos duros de 1 TB. Ademas, se instalaron tarjetas de video NvidiaGeforcede 1Gb, con la intencion futura de aumentar el rendimiento de computo al incorporar el procesamiento basado en unidades graficas (GPU), lo cual convertiria esta estacion en un sistema hibrido. Elsistema operativo es Ubuntu Linux de 64 bits, el cual se distribuye de manera gratuita, al igual que el software necesario para la paralelizacion. Este proyecto fue desarrollado en colaboracion con la Universidad Latina de Panama y fue parcialmente financiado por el Grupo Melo. Hasta el momento el sistema se ha utilizado en el ensamblaje y analisis de secuencias de ADN dentro del proyecto de secuenciacion del genoma de Leishmania panamensis.Ademas, se estan dando los primeros pasos para su usoen la modelacion de la estructura de proteinas relacionadas con enfermedades neurodegenerativas y en el estudio de cardiopatias congenitas. La estacion instalada es rapida, extensible y accesible de manera remota desde cualquier punto dentro o fuera del pais. Esta esla primera estacion de su tipo en Panama y se une a los esfuerzos para el desarrollo de la bioinformatica a nivel nacional, por lo cual esta a disposicion de grupos cientificos que requieran del uso de computo de alto rendimiento en sus proyectos.