Contributions des isolements pré-zygotiques et post-zygotiques dans la dynamique de l'introgression intra-spécifique chez la truite commune (Salmo trutta, L.)

Le reseau hydrographique francais presente deux lignees de truite commune (Salmo trutta, L.) genetiquement et phenotypiquement distinctes : les lignees Atlantique (ATL) et Mediterraneenne (MED) qui occupent les bassins versant du meme nom. Les repeuplements intensifs pratiques de maniere systematique depuis un siecle avec des souches domestiques ATL ont entraine dans la zone mediterraneenne une introgression plus ou moins importante des populations naturelles. La persistance de populations peu introgressees amene les gestionnaires a prendre en compte dans leur demarche de conservation ces populations autochtones. La gestion de cette problematique d'hybridation passe par une meilleure connaissance de la dynamique de biodiversite intra-specifique et donc des mecanismes evolutifs qui regulent les flux de genes entre les lignees MED et ATL.Cette these s'appuie sur un travail collaboratif entre scientifiques et gestionnaires et comporte plusieurs objectifs. Sur le plan theorique nous avons teste deux barrieres reproductives pre-zygotiques potentielles liees au comportement reproducteur (competition intra-sexuelle mâle et preference inter-sexuelle femelle) ainsi qu'une possible barriere post-zygotique correspondant a un differentiel de survie embryo-larvaire lie a la temperature. Un large jeu de donnees a egalement ete analyse pour mettre en evidence un potentiel differentiel de survie entre lignee a l'âge adulte. Enfin, ces resultats ont ete inclus dans un modele demo-genetique (modele Mediterranea, plate-forme CAPSIS-4). Cet outil informatique d'aide a la decision adapte aux besoins des gestionnaires permettra a terme l'evaluation des strategies de gestion et de conservation.Les resultats montrent une preference intersexuelle heterogame qui tendrait a accelerer le melange des deux lignees. L'etude de la survie embryo-larvaire montre un avantage selectif pour les descendants de femelles MED, particulierement dans des conditions de temperatures basses. Enfin, l'analyse de la distribution de l'âge chez les adultes montrent un avantage aux individus MED ce qui pourrait traduire une adaptation locale pour cette lignee au sein du territoire haut-savoyard. Les simulations preliminaires effectuees avec le modele Mediterranea integrent ces resultats et mettent en evidence le role de la structure du reseau hydrographique dans la variabilite spatiale de l'introgression. Ces resultats concordent avec les patrons d'introgression observes in situ et apportent de nouvelles connaissances pouvant se reveler utiles dans la gestion future de la biodiversite intra-specifique de la truite commune.