Du phénotype à la mutation causale: le cas des anomalies récessives bovines

Cet article presente la methodologie utilisee pour identifier la mutation responsable d’une anomalie genetique a partir de cas d’animaux affectes. Dans un premier temps, une collection de cas aussi homogenes que possible est constituee, de la meme race et avec les memes signes cliniques, completee par une population temoin apparentee mais non atteinte. Une analyse de pedigree est possible pour rechercher l’ancetre commun qui a pu transmettre l’anomalie a chacun des cas. Le genotypage par puce permet de mettre en evidence tres rapidement une petite region du genome homozygote et identique a tous les marqueurs qui contient la mutation recherchee. La mutation est ensuite identifiee par sequencage du genome de quelques cas, filtrage des variants observes sur la base d’une part, de leur presence chez d’autres animaux, et d’autre part, de leur annotation fonctionnelle. Une validation statistique est ensuite pratiquee par genotypage a grande echelle, pour verifier l’association totale entre genotype et phenotype. Enfin, la causalite de la mutation est etudiee par analyse fonctionnelle, incluant l’analyse des ARN et des proteines, l’imagerie cellulaire, voire la creation de modeles transgeniques.