Pseudomonas syringae pv. syringae által termelt lipopeptidek és a sejtmembrán közötti kölcsönhatások vizsgálata = Investigation of lipopeptides and cell membrane interactions

Az OTKA projekt kereteben harom, kulonboző szerkezetű es biologiai aktivitasu, antifungalis ciklusos lipodepsipeptid, a syringomycin-E (SR-E), a syringotoxin (ST-B) es a syringopeptin-25A (SP-25A) vegyulet, hatasmechanizmusat vizsgaltuk atomi szintű molekula dinamikai (MD) szimulacioval. A projekt első ket eveben a harom CLP molekula hidrofil es hidrofob kozegben kialakulo haromdimenzios (3D) szerkezetet hataroztuk meg. Eredmenyeink osszhangban vannak az irodalombol ismert kiserleti megallapitasokkal, amelyeket ket kozlemenyben foglaltunk ossze. Az MD szamolasok eredmenyekent meghatarozott es jellemzett konformereket epitettuk be a sejt membrant modellező, kulonboző tipusu es osszetetelű lipid kettősretegekbe, amelyeket a projekt harmadik eveben epitettunk fel. A kettősretegek megszerkesztese onmagaban nem lekozolhető eredmeny, azonban varhatoan egy lipid adatbazisba bekerulve masok altal is alkalmazhatova valhatnak. A projekt negyedik eveben az osszeepitett, kulonboző osszetetelű es meretű, peptid-lipid kettősreteg rendszereken tovabbi MD szimulaciot vegeztunk, hogy a peptid-lipid kolcsonhatas, tovabba a peptid es a lipid szerkezeteben bekovetkező valtozasokat, a porus szerkezetet es kialakulasat molekularis szinten ertelmezhessuk. Megallapitottuk a peptidek szerkezeteben es a kettősreteg rendezettsegeben bekovetkező valtozasokat, tovabba hogy a porus kialakulasaban a peptidek mellett a lipid molekulak is jelentős szerepet jatszanak. | Syringomycin-E (SR-E), the syringotoxin (ST-B) and the syringopeptin-25A (SP-25A) are antifungal cyclic lipodepsipeptides (CLPs) produced by certain strains of the bacterium Pseudomonas syringae pv. syringae. Their primary biological target is the plasma membrane, where their form channels. In this project, we investigated in atomic detail the molecular feature of CLPs in water, octane and different composition of lipid bilayers by atomistic molecular dynamics simulations. The 3D structures of CLPs obtained after long (200ns) MD simulation in hydrophobic and hydrophilic environment are in agreement with published experimental data and the results are summarized in two papers. These structures are built into different lipid bilayers are used to investigate the interactions of CLPs with lipid bilayers, the mechanism of pore formation and the structure of pore formed by CLPs.