بیان افتراقی ژن گاوهای بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) با استفاده از داده های RNA-Seq

این پژوهش با هدف تعیین مقایسه افتراقی پروفایل بیان ژن در دو زیرگونه گاو بوس تاروس (هلشتاین) و بوس ایندیکوس (کلیستانی) انجام شد. برای این منظور، ترانسکریپتوم نمونه­ای از هریک از جمعیت­های گاو ماده هلشتاین آمریکا و گاو ماده کلیستانی پاکستان از طریق همردیفی و مکان­یابی خوانش­های کوتاه mRNA تشکیل شد. این خوانش­ها قبلا با استفاده از فناوری توالی­یابی نسل جدید به‌صورت داده­های RNA-Seq تولید شده بودند. نتایج آنالیز بیان افتراقی نشان داد از مجموع 24616 ژن و 26716 رونوشت شناخته‌شده بر روی ژنوم مرجع گاو، 41 ژن بین این دو زیرگونه  بیان  متفاوت داشتند (000015/0 p<). بالاترین شاخص بیان دیجیتال مربوط به یک ژن میتوکندریایی (ENSBTAG00000043545) بودکه تنها در جمعیت کلیستانی بیان شد. یکی از ژن­های متفاوت بیان­شده (ENSBTAG00000014332) دارای دو ایزوفرم متفاوت بیان شده بود. آنالیز ماهیت و مسیر ژن­های متفاوت بیان شده نشان داد که آنها در 20 مسیر به­ویژه مسیر­های مرتبط با ایمنی، پاسخ به تنش و تشکیل رگ­های خونی جدید درگیر بودند. یعنی مسیرهایی که در طول زمان سازگاری دو زیرگونه مورد مطالعه با اقلیم­های خاص و بروز تفاوتهای فنوتیپی بارز برای این صفات را بین آن­ها موجب شده­اند.