Ontologie ATOL : amélioration de l'outil par l'intégration des caractères de santé

L'ontologie des caracteres phenotypiques ATOL, est un outil dedie aux productions animales, permettant uneannotation des bases de donnees phenotypiques (http://www.atol-ontology.com/). Sur l’ensemble des finalitesciblees dans l’ontologie, les caracteres lies a la sante ont ete initialement renseignes uniquement dans la finalite Bien-Etre. Le projet P-AHOL, soutenu par le metaprogramme GISA, avait pour objectif de completer ces caracteres en creant une finalite «sante» avec l'ensemble des troubles detectes en elevage et susceptibles de penaliser les autres finalites (croissance, nutrition, reproduction, production de lait, d’oeufs et foie gras, bien-etre). Une demarche de co-construction a ete ainsi realisee sur la standardisation des troubles de sante, par leur denomination et leur definition, et leur caracterisation, par leur hierarchisation et avec une attention sur les symptomes. Le travail s’est appuye sur quatre groupes d'experts du domaine de la sante, pluridisciplinaires (immunologie, virologie, bacteriologie, …) et multi-especes (ruminants, oiseaux, poissons, porc-lapin et cheval) et sur un reseau plus large incluant des scientifiques des departements Sante Animale, Genetique Animale et PHASE, et des porteurs d’enjeu au coeur des questions de sante animale (responsables d’installations experimentales et de R&D). Pour le choix des maladies retenues, la demarche de co-construction s’est appuyee sur la liste des maladies identifiees dans le systeme d’informations Sicpa sanitaire et un document ANSES sur les poissons. Pour leur caracterisation, nous nous sommes appuyes sur des ontologies existantes telles que l’ontologie SNOMED CT pour les symptomes et l’ontologie NCBI Taxonomy pour les organismes. Le projet decrit la finalite sante avec 3 branches principales : les maladies classees en fonction de leur type (infectieux, genetique, metabolique, physique, psychologique, chronique) et de leur voie de transmission (horizontale, verticale, vectorielle), les symptomes et les organismes. La branche «organisme» correspond aux classes des agents pathogenes (virus, bacteries, champignons, parasites) et des especes atteintes. De plus, des proprietes ont ete creees pour developper la semantique entre les differents classes (est pathogene de, a comme symptome, affecte). En perspective, l’objectif du programme ATOL vise a une utilisation de l’ontologie par differents acteurs impliques dans les programmes de phenotypage, ainsi que pour l’evaluation du statut sanitaire des animaux et des troupeaux. Aussi le travail va se poursuivre avec la creation de liens entre les donnees du SICPA Sanitaire et l’ontologie ATOL. En parallele un travail d’enrichissement sera mis en place (1) sur les proprietes entre les finalitesde l’ontologie pour renseigner leurs interactions, (2) sur l’apport de nouveaux caracteres ou de liens sur desmethodes de mesures en utilisant des methodes de text-mining appliquees a la bibliographie ou a des bases de donnees.