Comment diagnostiquer des agents pathogènes de classe 3 dans un laboratoire P2

En France, les mycoses exotiques sont des pathologies d’importation, peu frequentes. Elles sont dues a des champignons qui sont des agents pathogenes de classe 3. Nous presentons deux observations ou nous avons evite avec succes la manipulation en laboratoire P2 des cultures devenues positives. Un homme de 66 ans, greffe renal sur nephropathie vasculaire, est admis pour anorexie et perte de poids importante (15 kg en 2 mois). L’examen clinique revele une masse pseudo-tumorale ulceree du palais et l’apparition de lesions cutanees papulonecrotiques sur le visage. Le scanner thoracique revele de multiples micronodules, principalement centrolobulaires, au sein d’un emphyseme severe. Le galactomannane aspergillaire est negatif dans le LBA, le sang et le LCR, mais positif sur la biopsie cutanee (index 4918). L’examen direct des biopsies palatines et cutanees montre des macrophages contenant des levures dont l’aspect est compatible avec Histoplasma capsulatum. Cette suspicion est confirmee par sequencage de la region ITS de l’ADN ribosomal realise sur l’echantillon de biopsie. L’anamnese initiale ne mentionnait aucun voyage a l’etranger mais la notion de voyages en Afrique Centrale est apparue apres le diagnostic, dont le dernier remonterait a plus de 15 ans. Le patient traite par amphotericine B liposomale, s’ameliore transitoirement, puis decede 25 jours apres la biopsie diagnostique suite a un choc septique a Escherichia coli. Un homme de 63 ans, greffe bi-pulmonaire dans un contexte de BPCO, est hospitalise pour des cephalees persistantes depuis plusieurs semaines. L’IRM cerebrale trouve des lesions frontales et temporales gauches ainsi qu’une lesion occipitale droite. L’examen direct de la biopsie cerebrale montre la presence de filaments myceliens septes qui rappellent, par endroit, l’architecture d’un champignon exotique decrit comme agent d’abces cerebraux : Cladophialophora bantiana. Meme si l’anamnese ne revele qu’un seul voyage a Majorque il y a 2 ans, il est decide de ne pas manipuler la culture devenue positive et de realiser un sequencage de la region ITS de l’ADN ribosomique sur l’echantillon d’abces. Celui-ci confirme qu’il s’agit bien de C. bantiana . Le patient est traite par voriconazole, caspofungine et flucytosine et, pour l’instant, l’evolution a 8 semaines est favorable, bien qu’une intervention neurochirurgicale ait ete exclue devant des abces multiples et profonds. Les mycoses exotiques sont des pathologies rares, pas toujours evoquees lorsque l’anamnese ne revele pas de voyage en zone d’endemie. Leur pronostic est tributaire du statut immunitaire du patient et de la precocite de la prise en charge diagnostique et therapeutique. Le sequencage moleculaire realise directement sur l’echantillon peut etre utilise comme une approche diagnostique qui s’avere rapide, surtout lorsque des structures de type P3 ne sont pas disponibles.