灰毡毛忍冬转录组 SSR位点分析及 EST-SSR标记开发

灰毡毛忍冬 ( Lonicera macranthoides ) 为中药山银花的一种基原植物，在中国南方广泛分布，具有很高的药用价值和经济价值。本研究利用 MISA 工具对灰毡毛忍冬转录组 74 057 条 Unigenes 中的 SSR 位点进行了分析，其中 15 587 条 Unigene 共计含有 SSR 位点 20 161 个， SSR 发生频率为 21.05% 。灰毡毛忍冬转录组 SSR 位点的种类从单核苷酸至六核苷酸重复均有分布，主要重复类型是二核苷酸 (9 704 个 ) 和三核苷酸 (5 847 个 ) ，分别占 SSR 总数的 48.13% 和 29.00% ，主要重复单元为 AG / CT (6 086) 、 AT / AT (3 071) 和 A / T(2 826) ，分别占 SSR 总数的 30.19% 、 15.23% 和 14.02% 。 SSR 位点的重复次数分布最多的是 6 和 5 次，分别有 4 897 和 3 531 个，分别占总 SSR 数的 24.29% 和 17.51% 。利用 Primer 6.0 软件设计了 17 611 对 SSR 引物，随机选出 30 对引物进行扩增验证，其中 14 对扩增条带表现出多态性，进而利用这 14 对引物对 6 个灰毡毛忍冬品种开展了遗传多样性分析。本研究结果将为灰毡毛忍冬物种鉴定、遗传多样性分析和分子标记辅助育种等提供科学依据。