Bioinformatique et analyse de données multiomiques : principes et applications chez les levures pathogènes Candida glabrata et Candida albicans

Plusieurs evolutions sont constatees dans la recherche en biologie. Tout d’abord, les etudes menees reposent souvent sur des approches experimentales quantitatives. L’analyse et l’interpretation des resultats requierent l’utilisation de l’informatique et des statistiques. Egalement, en complement des etudes centrees sur des objets biologiques isoles, les technologies experimentales haut debit permettent l’etude des systemes (caracterisation des composants du systeme ainsi que des interactions entre ces composants). De tres grandes quantites de donnees sont disponibles dans les bases de donnees publiques, librement reutilisables pour de nouvelles problematiques. Enfin, les donnees utiles pour les recherches en biologie sont tres heterogenes (donnees numeriques, de textes, images, sequences biologiques, etc.) et conservees sur des supports d’information egalement tres heterogenes (papiers ou numeriques). Ainsi « l’analyse de donnees » s’est petit a petit imposee comme une problematique de recherche a part entiere et en seulement une dizaine d’annees, le domaine de la « Bioinformatique » s’est en consequence totalement reinvente. Disposer d’une grande quantite de donnees pour repondre a un questionnement biologique n’est souvent pas le defi principal. La vraie difficulte est la capacite des chercheurs a convertir les donnees en information, puis en connaissance. Dans ce contexte, plusieurs problematiques de recherche en biologie ont ete abordees lors de cette these. La premiere concerne l’etude de l’homeostasie du fer chez la levure pathogene Candida glabrata. La seconde concerne l’etude systematique des modifications post-traductionnelles des proteines chez la levure pathogene Candida albicans. Pour ces deux projets, des donnees « omiques » ont ete exploitees : transcriptomiques et proteomiques. Des outils bioinformatiques et des outils d’analyses ont ete implementes en parallele conduisant a l’emergence de nouvelles hypotheses de recherche en biologie. Une attention particuliere et constante a aussi ete portee sur les problematiques de reproductibilite et de partage des resultats avec la communaute scientifique.