全基因组关联研究中NanoDrop检测 D 260 / D 230 值在DNA质检中的意义

目的探讨NanoDrop检测 D 260 / D 230 值对全基因组关联研究（GWAS）中DNA标本质检的意义。 方法收集1 494例强直性脊柱炎（AS）患者的血液DNA样本，分别用NanoDrop和PicoGreen检测样本浓度。第一阶段，对24例NanoDrop和PicoGreen浓度>50 ng/ μ L的DNA样本行Omni中华8芯片检测，比较16例芯片成功样本与8例失败样本的 D 260 / D 280 值及 D 260 / D 230 值。第二阶段，选取1 122例NanoDrop和PicoGreen检测浓度均大于50 ng/ μ L DNA样本行管家基因 GAPDH 的PCR检测，并对PCR反应成功的样本行Omni中华8芯片检测。采用Mann-Whitney U 检验比较PCR反应成功与失败DNA样本的 D 260 / D 230 值，采用受试者工作特征（ROC）曲线评价 D 260 / D 230 值对PCR结果的鉴别效率。 结果第一阶段中，芯片成功与失败样本的 D 260 / D 280 值差异无统计学意义（ P =0.444），而 D 260 / D 230 值差异有统计学意义（ Z =-3.920， P D 260 / D 230 值比较差异有统计学意义（ Z =-5.983， P D 260 / D 230 值预测PCR结果的曲线下面积（AUC）为0.727；最佳诊断点的 D 260 / D 230 值为0.89；特异度为0.95时的 D 260 / D 230 值为2.305。 结论在进行GWAS时，浓度及 D 260 /D 280 值均较好而 D 260 / D 230 值较低的DNA样本可能含有较多杂质，需联用PCR检测以确保样本质量； D 260 / D 230 值≥ 2.305时，样本纯度满足GWAS芯片检测的要求，可省略PCR检测。