Les cténophores : de leur position dans l'arbre des métazoaires (approche phylogénomique) à leur diversité taxonomique (phylogénie moléculaire et anatomie comparée)

Les ctenophores representent l’un des quatre embranchements animaux exterieurs aux Bilateria. La majoritedes especes sont planctoniques et gelatineuses, et sont reconnaissables a leurs huit rangees de peignes dont lebattement permet la nage. Leur systematique est encore de nos jours mal comprise. L'anatomie desctenophores offre peu de caracteres aussi bien pour placer la lignee dans l’arbre des metazoaires, que pouretablir les relations de parente au sein de l’embranchement et delimiter les especes, et jusqu’a present lesdonnees moleculaires n’ont pas permis de resoudre ces problemes de maniere satisfaisante. L’objectif de cetravail de these est de contribuer a ameliorer notre comprehension de l'evolution des ctenophores adifferentes echelles taxonomiques. A l’echelle des metazoaires, la position phylogenetique des ctenophores aete abordee par une approche phylogenomique. Un effort significatif a ete realise pour ameliorerl’echantillonnage taxonomique a travers le sequencage et l’assemblage des transcriptomes de 22 especes denon-Bilateria (ctenophores, cnidaires, spongiaires). Deux jeux de donnees independants ont ete analyses, lepremier representant une mise a jour d’une supermatrice existante de 128 genes ; le second (4235 genes)ayant ete entierement construit de novo via un protocole original comportant la mise au point de nouvellesmethodes pour traiter de maniere semi-automatisee les principales sources potentielles d’artefact(contaminations, paralogies, donnees manquantes). Les resultats contredisent certaines etudes recentes enmontrant que les spongiaires et non les ctenophores representent le groupe-frere des autres metazoaires. Laposition exacte de ces derniers reste a ce stade incertaine (trois options se presentant suivant les analyses). Al’echelle intra-phyletique, l'analyse d'un jeu de donnees comprenant les marqueurs ADNr 18S et InternalTranscribed Spacers (ITS), associee a des analyses de genes dupliques chez les ctenophores et aux analysesphylogenomiques precedentes, a permis de resoudre une grande partie des relations phylogenetiques entre lesordres et les familles de ctenophores, tout en permettant de preciser la position de la racine. Enfin, a uneechelle taxonomique plus fine, une comparaison approfondie entre deux especes du genre Pleurobrachia aumoyen de marquages immunohistochimiques montre le potentiel de ces techniques comme source denouveaux caracteres structuraux « micro-anatomiques » a valeur diagnostique pour la delimitation etl’identification des especes de ctenophores. En conclusion, ce travail se veut une contribution au progres dela systematique d’un embranchement encore meconnu et d’une grande importance pour la comprehensiondes evenements anciens de l’evolution animale.