Étude phylogénique de souches d'alphaherpèsvirus isolées chez les équidés français et développement d'un outil innovant pour la mesure des anticorps neutralisants après infection ou vaccination

L’herpesvirus equin 1 (EHV-1), classe parmi les Herpesviridae, est l’un des pathogenes les plus frequemment rencontres au sein de la population equine. Ce virus peut etre a l’origine de formes de maladie respiratoire, abortive ou neonatale, oculaire ou nerveuse pouvant conduire a l’euthanasie de l’animal. Les mesures de prevention incluant la vaccination constituent la premiere barriere dans la lutte contre ce virus. En cas d’epizootie, le suivi et l’identification des souches peuvent constituer une aide precieuse pour la comprehension des modes d’infection. Ce travail de these a porte sur le suivi moleculaire par differentes approches d’une population de souches d’EHV-1 isolees en France entre 2009 et 2018. Le typage de 137 souches d’EHV-1 pour le polymorphisme en position 2254 du gene de l’ADN polymerase (ORF30) associe a la pathogenicite des souches a montre une association significative des souches de type A2254 avec les cas d’avortements. Quatorze souches d’interet ont ensuite ete analysees par sequencage de l’ORF30 et Multi Locus Sequence Typing (MLST). Le sequencage complet de l’ORF30 s’est montre peu discriminant mais a permis de mettre en evidence un troisieme genotype (C2254 (H752)) en position 2254 de l’ORF30. L’analyse par MLST a permis de classer ces souches parmi 7 des 10 clades UL decrits par l’outil a ce jour. Deux autres souches d’herpesvirus d’equides, une d’EHV-8 et une d’EHV-9, ont pu etre mises en evidence grâce au sequencage de l’ORF30. Ces differentes souches d’alphaherpesvirus des equides ont ete caracterisees, comparees et leur sensibilite vis-a-vis de sept molecules antivirales a ete evaluee in vitro. Leur proximite genetique a pu etre visualisee par la construction d’un network phylogenetique base sur les sequences de l’ORF30. Une seconde partie du travail a porte sur le suivi du niveau de protection confere par les anticorps neutralisant l’EHV-1. Une technique innovante de quantification a ete mise au point grâce a la technologie xCELLigence® sur cellules E. Derm et a permis de determiner les titres induisant 50% de la neutralisation d’une concentration de virus (NT50) a partir d’une population d’echantillons qualifies provenant d’une infection experimentale avec la souche d’EHV-1 C2254. Les valeurs de NT50 obtenues ont montre une bonne correlation avec les valeurs de titres obtenues avec la methode de reference sur cellules RK13. Les reponses de chevaux a la vaccination ont ensuite pu etre etudiees selon le protocole de vaccination recu et selon l’historique des chevaux.