Intérêt du séquençage dans le diagnostic virologique : application au VIH et au VHC

Resume Le sequencage est un outil important pour le typage de tous les virus repertories. Il est aussi utilise dans l'analyse des genotypes de resistance. Neanmoins, en pratique medicale hospitaliere actuelle, il n'est utilise que pour le VIH et le VHC. En effet, pour ces deux virus, il est important de surveiller la diversite genetique puisqu'elle a des implications dans le diagnostic (detectabilite des anticorps, detection du genome viral), dans la quantification de l'ARN plasmatique et dans l'attitude therapeutique. Il existe diverses methodes de typage ou genotypage. La methode de reference demeure le sequencage nucleotidique suivi d'une analyse phylogenetique. De plus, seul le sequencage de plusieurs regions du genome peut permettre d'identifier dans certains cas des virus recombinants. Le developpement des techniques de sequencage va probablement s'amplifier dans les annees a venir au niveau des laboratoires de virologie medicale. L'accumulation des donnees va compliquer leur interpretation et le virologue devra developper des outils informatiques pour l'analyse des sequences. Ces outils devront etre souples car ils devront s'adapter a l'evolution des connaissances et a l'apparition de nouvelles molecules antivirales.