Dysregulace dlouhých nekódujících RNA u multiformního glioblastomu a jejich studium s využitím moderních molekulárně-genetických přístupů

Východiska: Glioblastom (GBM) je nejcastějsi primarni nador mozku, který je charakterizovan nepřiznivou prognozou i navzdory veskere dostupne lecbě. Z tohoto důvodu je vynaloženo mnoho financnich prostředků a usili do výzkumu nových prognostických a prediktivnich biomarkerů ci terapeutických cilů. Dlouhe nekodujici RNA (lncRNA) jsou regulatory genove exprese, ktere hraji významnou roli v patologii GBM, a zdaji se proto být vhodnými kandidaty ke studiu. Material a metody: Nase studie zahrnovala 14 pacientů s GBM a 8 pacientů s intraktabilni epilepsii, kterým byla odebrana mozkova tkaň v ramci epileptochirurgických výkonů. rRNA-depletovana RNA byla použita na sekvenovani pomoci přistroje NextSeq 500 (Illumina). Statistickou analýzou bylo vyhodnoceno 24 087 mRNA a 8 414 lncRNA a jejich sekvencnich variant s nenulovým RPKM alespoň v jednom vzorku. Pro mapovani sekvenci na referencni genom a soucet cteni připadajicich na cilovou sekvenci byl použit CLC genomic workbench. Cilene utlmeni zvýsene exprese ZFAS1 bylo provedeno pomoci tranzientni transfekce specifických siRNA do stabilnich GBM linii (A172, U87MG, T98G). Uspěsnost transfekce byla ověřena prostřednictvim qRT-PCR a vliv na viabilitu pomoci MTT assay. Výsledky: Statistickou analýzou bylo objeveno 274 (P < 0,01) lncRNA dysregulovaných ve tkaňových vzorcich GBM v porovnani s nenadorovými mozkovými tkaněmi. Sekvenovani taktež odhalilo 489 dysregulovaných mRNA s P hodnotou nižsi než 0,001 a 26 mRNA s P hodnotou nižsi než 0,000001. Transfekce inhibitoru ZFAS1, jedne z identifikovaných lncRNA, vedla k uspěsnemu utlmeni hladiny ZFAS1, ktere ovsem nemělo vliv na sniženi miry proliferace buněcných linii. Zavěr: Popsali jsme významnou dysregulaci lncRNA a mRNA ve tkanich GBM v porovnani s nenadorovou tkani. Dale jsme uspesně utlumili hladinu ZFAS1, což ovsem nemělo vliv na proliferaci glioblastomových buněk.