Quasispecies dynamics in main core epitopes of hepatitis B virus by ultra-deep-pyrosequencing

瞄准：调查肝炎 B 的主要 immunodominant 主题的可变性由 ultra-deep-pyrosequencing (UDPS ) 的病毒(HBV ) 核心基因。方法：从 4 treatment-na 的四件样品(2 遗传型 A 和 2 遗传型 D )? ve 病人为基线可变性被估计。从一个病人的二件另外的样品(病人 4，遗传型 D ) 为分析被选择：一件样品对应于 36 瞬间从基线和其它的没有处理的时期到在 lamivudine 治疗的 18 瞬间以后的病毒的突破的时间。分析的 HBV 区域盖住氨基酸 40 ～ 95 核心基因，并且包括了二个主要 epitopic 区域， Th50-69 和 B74-84。UDPS 在染色体音序器 FLX 系统被执行(454 生命科学， Roche ) 。在计算机基于一个泊松统计模型过滤 UDPS 数据以后， 122813 个序列被分析。UDPS 检测的最保存的位置被指导地点的 mutagenesis 分析并且在房间文化评估了。结果：有最高的可变性率的位置主要位于主要核心 epitopes，证实他们象有免疫力刺激的区域的角色。另外，可变性的分发与 HBV 遗传型显示出一种关系。(遗传型 A ) 病人 1 介绍了最低可变性率，(遗传型 A ) 病人 2 比 1% 高与可变性有 3 codons。(两遗传型 D ) 病人 3 和 4 分别地比 1% 高与可变性介绍了 5 和 8 codons。中部的基线频率证明遗传型 A 比在分析的另外的位置在 epitopic 位置取样有的更高的可变性，接近意义(P = 0.07，样品 1 并且 P = 0.05，样品 2 ) 。相反，在遗传型 D 盒子中在在 epitopic 和另外的位置之间的可变性没有重要差别。有趣地，病人 1 从氨基酸 64 ～ 67 介绍了一个完全变异的主题(E64LMT67 ) ，它被 T 助手房间通常认出。另外，在所有 4 个病人观察的可变性特别地与 E64LMT67 主题被联系。Codons 78 并且 79 高度在所有样品被保存，遵守他们在在 HBV virion 衣壳和表面抗原(HBsAg ) 之间的相互作用的参与。笔记， codon 76 是甚至比 codons 保存的更多 78 和 79，在 HBsAg 相互作用或