COVID.si - Skupnostna znanost za boj proti korona virusu

Projekt “SKUPNOSTNA ZNANOST IN BOJ PROTI KORONA VIRUSU” je odprt projekt skupnosti dobromislecih raziskovalcev in prostovoljcev, ki želijo s svojim delom, znanjem in izkusnjami, prispevati kamencek v mozaiku poznavanja novega korona virusa in bolezni COVID-19, ki jo ta virus povzroca. Skupino vodita strokovnjaka dr. Crtomir Podlipnik in dr. Marko Jukic, z dolgoletnimi izkusnjami s podrocja racunalnisko podprtega nacrtovanja molekul, farmacevtske kemije in kemo/bioinformatike. S somisljeniki ter prostovoljci so v zelo kratkem casu razvili lastno tehnologijo, ki omogoca porazdeljeno racunanje molekulskega sidranja. Tehnologija je osnovana na programcku, ki omogoca povezavo uporabnikovega racunalnika s strežnikom, ki porazdeli del knjižnice molekul pripravljenih za molekulsko sidranje (trenutno 10 000 000 spojin). Po koncanem sidranju (s programom RxDock), programcek poslje izracunane podatke nazaj na zbirno mesto na strežniku. Po analizi sidranih spojin je koncni rezultat seznam molekul s potencialno vezavo na terapevtsko tarco (v nasem primeru so to virusni proteini). Nato lahko preverimo ali so te spojine dobavljive in organiziramo biolosko testiranje v sodelovanju z ostalimi raziskovalnimi skupinami. Podatke o nedobavljivih spojinah lahko v nasprotnem primeru posredujemo raziskovalnim skupinam za izvedbo sinteze. V optimalnem scenariju bi lahko identificirali spojine zanimive za farmacevtsko industrijo. Resitev, ki temelji na porazdeljenem racunanju je osnovana na odprtokodnih resitvah.