La base de datos de reguladores transcripcionales bactregulators y aplicaciones bioinformáticas al análisis del genoma de pseudomonas

La transcripcion constituye la componente principal del control de la expresion genetica. El primer nivel en la jerarquia del control de la transcripcion es el factor sigma de la ARN polimerasa que determina la especificidad por el promotor. En un segundo nivel se situan los factores transcripcionales, tanto activadores ccomo represores. En este trabajo se datectan, describen y estudian los factores sigma presentes en el genoma de Pseudomonas putida KT2440 y se comparan con el represtorio de factores sigma del microorganismo filogeneticamente mas proximo en la fecha del estudio, Pseudomonas aeruginosa PAO1. Ademas construimos un perfil convencional que define a la familia TetR de represores de la transcripcion, procediendo al estudio general de la familia. Del analisis de los co-cristales ADN/proteina disponibles se deduce un modelo de interaccion con el ADN para los miembros de la familia y se hace la prediccion de los residuos de interaccion con el ADN para los 2353 miembros de la familia TetR seleccionados por nuestro perfil. La infromacion reccopilada en el estudio de la familia TetRse ha organizado en una base de datos. Para ellos hemos construido la base de datos de reguladores transcripcionales BacTregulators que actualiza e incluye a la anterior AraC-XylS. La entrada de BacTregulators se define a cuatro niveles: (1) secuencia de aminoacidos, (2) nivel taxonomico del organismo fuente, (3) elemento de genoma en el que esta en gen que codifica a la secuencia, y (4) posicion del gen en el elemento de genoma. Con esta estrucutra se evita la redundancia. La informacion contenida en la entrada es de dos tipos: informacion extraida automaticamente de otrass bases de datos e informacion extraida manualmente de las referencias bibliograficas. Esta ultima se organiza en parrafos referenciados individualmente a la ficha Medline del trabajo del que se extrajo. Ademas se incluye el dato 'evidencia 'experimental' en apoyo de lo dicho