A large est resource for Theobroma cacao including cDNAS isolated from various organs and under various biotic and abiotic stresses

Un projet international visant au sequencage d'une importante collection de 180 000 clones ADNc de cacao enrichis en pleine longueur, representant des genes exprimes dans T. cacao L. a ete realise. Ces clones ont ete isoles principalement a partir de deux genotypes, Scavina6 et ICS1, et a partir de differents organes avec et/ou sans traitement avec divers stress biotiques et abiotiques. Environ 45 bibliotheques d'ADNc ont ete elaborees a partir d'une large gamme d'organes : fleurs (auto-pollinisees et avec pollinisation croisee), coussinets floraux, graines a differents stades de developpement et durant la fermentation, cherelles, cortex de cabosse, pousses, bois, racines, graines germees et embryons de culture in vitro. Des bibliotheques ont egalement ete construites a partir d'organes soumis a des stress biotiques : feuilles et cabosses inoculees avec #Phytophthora palmivora# et #megakarya#, tiges et cabosses inoculees avec #Crinipellis perniciosa#, cabosse inoculee avec #Moniliophthora roreri#, tige inoculee avec #Ceratocystis fimbriata#, cabosses inoculees avec des endophytes utilises pour la lutte biologique, et tiges attaquees par des mirides. Des bibliotheques d'hybridations soustractives suppressives (SSH) ont aussi ete generalement construites a partir de ces interactions avec des pathogenes vegetaux pour faciliter l'identification ulterieure de genes de resistance ou de defense exprimes dans le cacaoyer au cours d'infections par les pathogenes. Par ailleurs, deux bibliotheques SSH ont ete realisees pour les fleurs en utilisant les deux conditions a la fois comme sondes et comme pilotes. Des bibliotheques ont egalement ete etablies a partir de boutures dans des conditions de secheresse. La construction et la gestion des bibliotheques d'ADNc, le "picking" et la replication ont ete realises avec l'aide de la plate-forme robotique, au sein du " GENOPOLE Languedoc-Roussillon ". Tous le travail de sequencage a ete realise par le GENOSCOPE (Ivry), le Centre national francais de sequencage. Pour stocker et exploiter efficacement les informations sur les genes, un pipeline bioinformatique (ESTtik) a ete utilise, qui traite automatiquement les sequences, les assemble, les annote, et compile les resultats dans une base de donnees sur Internet, ce qui permet aux chercheurs de consulter les resultats et d'effectuer des requetes. Apres l'annotation et la comparaison des donnees des sequences de cacao avec la base de donnees internationale des sequences (NCBI), environ 68 % des sequences de cacao faisaient apparaitre une similitude significative avec les sequences genetiques d'autres especes. Ces comparaisons ont permis l'annotation de la fonction genetique de beaucoup des sequences, ainsi qu'une classification generale des sequences d'ADNc de cacao en fonction du systeme d'ontologie genetique. Cette nouvelle ressource de sequences EST de cacao rend possible l'identification de centaines de nouveaux marqueurs microsatellites et de milliers de SNP (Polymorphismes d'un seul nucleotide), de nouveaux marqueurs tres efficaces, la recherche de genes candidats de cacao homologues a des genes specifiques d'interet qui ont ete caracterisees chez d'autres especes (impliques dans la resistance, la reaction de defense, la qualite...), et l'identification d'un vaste ensemble unigene convenant a l'analyse, par genomique fonctionnelle, des mecanismes moleculaires sous-tendant la resistance, la qualite ou d'autres caracteres interessants pour la selection genetique du cacao. (Resume d'auteur)