基于转录组的剑麻杂交种‘11648 号’GATA 基因家族的鉴定及表达分析

GATA 转录因子在植物中广泛存在，并参与生长发育、生物和非生物胁迫等多种生物学过程，为深入阐明 GATA 基因家族在剑麻相关生物学过程中的重要功能。本研究基于转录组水平鉴定手段，对剑麻基因家族进行鉴定分析以及表达模式研究。在前期已完成的 RNA-seq 数据上，利用相关软件对剑麻 GATA 基因家族进行鉴定，同时对得到的剑麻 GATA 基因进行理化性质、保守结构域、进化关系和表达模式分析。在剑麻中共筛选获得 23 个 GATA 基因，其编码蛋白质的氨基酸数目在 118~581 之间，分子量约为 12.74~64.87 ku ，等电点为 5.19~10.22 。亚细胞定位预测结果显示 18 个 AhGATAs 定位于细胞核， 3 个 AhGATAs 定位于叶绿体， 2 个定位于线粒体。 AhGATAs 基因家族含有 GATA 、 RPN13_C 、 AhXH 、 CCT 和 Tify 这 5 个相对保守的结构域。进化树分析表明剑麻 GATA 蛋白可分为 5 个亚家族。 23 个剑麻 GATA 基因在剑麻紫色卷叶病不同发病时期呈现不同的表达规律。本研究在转录水平上初步完成了剑麻 GATA 基因家族的鉴定与功能分析，为后续深入解析 AhGATAs 基因在剑麻中的具体功能提供参考。