Étude moléculaire et phylogénétique des bactéries appartenant au genre Nocardia

Les bacteries du genre Nocardia font partie de l'ordre des Actinomycetales. Elles sont largement distribuees dans notre environnement et sont considerees comme des bacteries opportunistes. Chez l'homme, elles sont responsables d'infections graves le plus souvent chez les patients immunodeprimes. Leur identification et traitement restent encore difficiles. Le travail que nous avons entrepris a consiste a developper de nouveaux outils d'identification moleculaire, ainsi qu'une analyse phylogenetique basee sur le sequencage de quatre genes menagers. En premier lieu, nous avons reevalue pour le genre Nocardia la methode de "Restriction Fragments Length Polymorphism" (PCR-RFLP) du gene hsp65 (codant une proteine de choc thermique de 65 kDa) utilisant les enzymes BstEII, HinfI et MspI. Cette technique qui constituait la methode de reference pour l'identification au niveau specifique, s'avere incapable de differencier un grand nombre d'especes recemment decrites. Nous avons cherche a creer, finalement sans succes, un nouvel arbre d'identification avec de nouvelles endonucleases potentiellement plus discriminantes. Nous avons alors choisi une nouvelle approche basee sur une analyse multilocus de 54 souches types appartenant au genre Nocardia. Le sequencage partiel des genes (ARNr 16S, hsp65, rpoB et sod) nous a permis de construire une banque de donnees genomique multigenique qui combinee au progiciel denomme Bio Informatic Bacterial Identification (BIBI) a permis d'obtenir une identification phylogenetique precise des Nocardia et plus generalement des Actinomycetes pathogenes. Cet outil a ete valide et utilise avec differentes collections de souches provenant d'origines diverses (Espagne, France, Koweit et Mexique). Les resultats obtenus ont permis la detection rapide de nouvelles especes potentiellement pathogenes ainsi que l'identification d'especes n'ayant jamais ete rapportee dans des processus infectieux. Completes par des etudes phenotypiques et de sensibilite aux antibiotiques, une nouvelle espece a ete decrite N. Mexicana sp. Nov. Responsable de mycetome. A partir du jeu de sequences disponibles, une analyse phylogenetique globale integrant les quatre genes etudies au sein du genre Nocardia a pu etre realisee et a montre une phylogenie plus robuste et discriminante que celle portant sur le seul gene de l'ARNr 16S. Dans le domaine de la microbiologie clinique, nous avons developpe et mis en place une methode de detection rapide et sensible de Nocardia directement sur des prelevements cliniques, basee sur une PCR specifique du genre Nocardia et combinee a une hybridation avec une sonde codant l'ARNr 16S. Parallelement, une methode d'amplification specifique de l'ARNr 16S des bacteries appartenant au genre Streptomyces a ete mise au point et validee. L'ensemble de nos resultats represente une avancee importante dans l'identification et l'analyse phylogenetique des bacteries appartenant au genre Nocardia et plus generalement a l'ordre des Actinomycetales.