鳀科(Engraulidae)鱼类DNA 条形码电子芯片研究

本研究将基于线粒体 COI 部分序列的DNA条形码和DNA芯片技术相结合，以鳀科11属30种鱼类为研究对象，在比对分析其DNA条形码序列的基础上，利用软件Oligo Array 2.1筛选探针，经OligoCalc 优化探针，去除易形成发夹(Hairpin)、茎环(Stem-loop)及自身二聚体结构(Homo- dimers)的探针，再利用Oligo heat map对探针与靶标序列进行虚拟杂交，共有14个物种的24条探针能与靶标序列特异性结合。利用DNA条形码芯片技术能将14个物种鉴定到种，虽然物种识别能力仅占总物种数的46.7%，但鉴定准确率可达100%。因此，基于 COI 基因的DNA芯片技术对鳀科鱼类物种鉴定有一定的实用价值，但该技术对物种的识别能力尚有较大提升空间，通过筛选和优化得到高质量的分子探针则是突破该项技术的关键。