Un langage de référence pour le phénotypage des animaux d'élevage : l'ontologie ATOL

francaisLes avancees technologiques recentes en biologie permettent la production de grandes quantites de donnees capables de decrire de plus en plus finement les phenotypes. Pour traiter en masse ces informations a l'aide de programmes informatiques et comparer les phenotypes provenent d'etudes differents, il est indispensable de disposer d'un langage standardise definissant sans ambiguite les caracteres phenotypiques auxquels pourront se referer des utilisateurs varies (geneticiens, physiologistes, biochimistes, modelisateurs, producteurs...). L'absence d'un tel referentiel pour les animaux d'elevage a conduit l'Inra, en collaboration avec ses partenaires internationaux, a mettre en place une ontologie nommee ATOL("Animal Trait Ontology for Livestock"). Cell-ci vise a definir les caracteres phenotypiques des animaux d'elevage en les organisant en categories, autour des performances (efficacite alimentarie, fertilite), des produits (production laitiere, de viande, d'oeufs, de foie gras) et des preoccupations societales (bien-Etre animal) se rapportant aux productions animales. Cet article explique les motivations a l'origine du projet, les objectifs poursuivis, la demarche adoptee et son originalite, ses limites et ses performances. Notre ambition est que cette ontologie, actuellement en acces libre sur la toile, soit largement utilisee pour referencer les caracteres utilises dans les publications et les bases de donnees, et ce pour favoriser une fouille bibliographique precise, facilitant ainsi l'integration des informations a des fins de biologie systemique et predictive. EnglishRecent technological advances allow the production of large biological datasets that makes the description of phenotypes more accurate. To analyze this huge amount of information with computers and thus compare phenotypes, it is essential to define a standard language that unambiguously defines phenotypic traits so as to serve as a reference, worldwide, to any possible user (geneticist, physiologist, biochemist, modeler, producer...). The abscence of such a language/reference for livestock species has led Inra, in collaboration with its international partners, to develop and ontology that is called ATOL (Animal Trait Ontology for Livestock). Its aims are to define the phenotypic characters of livestock species, and allocate them to different types: performance traits (feed efficiency, fertility), production traits (dairy, meat, eggs, fatty liver) and societal traits (welfare). This article summarizes the objectives of the project, the original approach used to build the ontology, but also its current status and performance as well as its limitation. This ontology is publicly available ont the web and expected to be widely shared worldwide for the common use of unique terms to annotate publications, databases or mine literature and thus promote systemic as well as predictive biology.