Análisis genómico del resistoma de la cepa de Acinetobacter baumannii ABIBUN 107m multi-resistente y persistente en hospitales colombianos

Titulo en espanol: Analisis genomico del resistoma de la cepa  de  Acinetobacter baumannii ABIBUN 10 7m multi-resistente  y persistente  en hospitales colombianos Titulo en ingles: Genomic analysis of the resistoma of the strain of Acinetobacter baumannii ABIBUN 107m multi-resistant and persistent in Colombian hospitals Titulo corto: Analisis genomico del resistoma de la cepa  de  Acinetobacter baumannii Resumen:  Acinetobacter baumannii es una bacteria, causante de infecciones asociadas a la atencion en salud como neumonia, septicemia, meningitis e infecciones urinarias entre otras. Se caracteriza por su capacidad para desarrollar y acumular rapidamente una gran variedad de mecanismos de resistencia a antibioticos. En esta investigacion se realizo el analisis genomico de una cepa de A. baumannii ABIBUN 107m que forma parte de un clon persistente en hospitales colombianos, resistente a los antibioticos carbapenemicos (imipenem y meropenem),  antibioticos de eleccion en el tratamiento  infecciones causadas por este microorganismo. El genoma de esta bacteria fue secuenciado utilizando tecnicas de alto rendimiento, ensamblado y anotado, obteniendose un genoma constituido por  3954000 pb con 56 c ontigs; consta de 4256 genes con un tamano promedio de 912 pb;  3796 CDS  de los cuales por anotacion 2884  se asignaron a COG; 57 tRNA y un porcentaje de GC de 38,74%. A. baumannii ABIBUN 107m es resistente a b-lactamicos, aminoglicosidos, quinolonas, tetraciclina, sulfonamida y colistina. En su genoma se localizaron genes asociados con el perfil de resistencia ya que presenta serin b-lactamasas ( bla ADC-38 , bla OXA-64 , bla OXA-23 , bla amp C-like ,  bla amp(H) -like ), metalo b-lactamasa_B;  proteinas de union a  penicilina de elevada masa molecular, secuencias de insercion tipo ISAba1; mutaciones en los genes de DNA girasa  y topoisomerasa IV subunidad A ( gyr A y par C); enzimas modificadoras de aminoglicosidos ( aph A -like , aad A- like ); cloranfenicol aciltransferasa ( cat ) y  dehidropteroato sintasa ( sul-1) . Se identificaron genes pertenecientes a cinco familias de sistemas de eflujo (RND, MATE, MSF, ATP, SMR).  Abstract: Acinetobacter baumannii is a bacterium causing health care associated infections such as pneumonia, septicemia, meningitis and urinary infections amongst others. It has great capacity to quickly develop and gather a big variety of drug resistance mechanisms. In this research, the genome of strain A. baumannii ABIBUN 107m was analyzed wich forms part of a persistent clon in Colombian hospitals and it’s also resistant to carbapenems (imipenem and meropenem), which are the election antibiotics for treatment of infections caused by this microorganism.    The genome was sequenced using high performance technology, assembled and annotated. As a result, we obtained a 3954000 bp genome, with 56 c ontigs;  4256 genes with average size of 912 bp; 3796 CDS; 2884 were assigned to COG; 57 tRNA and GC percentage of 38,74%. The A. baumannii strain ABIBUN 107m, is resistant to the following antibiotic groups: b-lactams, aminoglycosides, quinolones, tetracycline, sulfonamide and colistin. Genes associated with this resistance profile were found in A. baumannii ABIBUN 107m genome serino b-lactamases ( bla ADC-38 , bla OXA-64 , bla OXA-23 , bla amp C-like ,  bla amp(H) -like ,  metallo b-lactamase_B; High Molecular Mass penicillin binding proteins, IS Aba 1 type insertion sequences, mutations of DNA gyrase and topoisomerase IV subunit A ( gyr A and par C); aminoglycoside modifying enzymes ( aph A -like , aad A- like ); choramphenicol acyltransferase (cat) and dehydropteroate synthase ( sul -1). Genes belonging to five different efflux systems were identified (RND, MATE, MSF, ATP, SMR).  Key words: Acinetobacter baumannnii MDR , resistome, Colombia Recibido: febrero 26 de 2014  Aprobado: octubre 17 de 2014