Épidémiologie des infections à coronavirus HCoV-HKU1 à Marseille, France

Introduction Il existe 4 especes de coronavirus humains (HCoV) communautaires en France : HCoV-229E, HCoV-OC43, HCoV-HKU1 et HCoV-NL63. Ces HCoV sont principalement associes a des infections respiratoires hautes. Nous decrivons ici plus particulierement le HCoV-HKU1, virus decrit pour la premiere fois en 2005 a Hong Kong chez un patient âge qui presentait une pneumopathie. Le HCoV-HKU1 a une distribution mondiale et a parfois ete associe a des infections respiratoires basses severes a type de bronchiolite ou de pneumopathie. Les differentes etudes suggerent que l’infection a HCoV-HKU1 peut etre aggravee chez les patients presentant des facteurs de comorbidite. Il est detecte chez 0,5 a 10 % des patients presentant une infection respiratoire aigue et les co-infections avec d’autres virus respiratoires sont frequentes. Nous decrivons ici les caracteristiques epidemiologiques des infections a HCoV-HKU1 diagnostiquees dans les hopitaux publics de Marseille. Materiels et methodes Un total de 16 357 prelevements respiratoires (11 976 patients) a ete teste pour un panel de virus respiratoires sur la periode du 1er janvier 2017 au 31 decembre 2019, au laboratoire de microbiologie clinique de l’institut hospitalo-universitaire Mediterranee Infection de l’Assistance publique–Hopitaux de Marseille. Le diagnostic des infections a coronavirus HCoV-HKU1 a ete realise par PCR temps reel avec les trousses FTD Respiratory pathogens 21 (Fast Track Diagnosis, Luxembourg) ou Biofire Filmarray Respiratory panel 2 plus (Biomerieux, France). Resultats Au total, 554 prelevements (483 patients), soit 3,4 % des echantillons testes, etaient positifs pour un des quatre coronavirus communautaires. Soixante et un prelevements (56 patients) etaient positifs pour le HCoV-HKU1, soit 0,49 % (61/16 357) des prelevements testes et 11 % (61/554) des echantillons positifs pour un coronavirus. 41 % (25/61) des patients positifs pour HCoV-HKU1 avaient moins de deux ans. A noter que l’infection touchait moins les hommes que les femmes avec un sex-ratio de 0,79 (34 femmes ; 27 hommes). Nous rapportons un cas de deces chez un patient positif pour le HCoV-HKU1 qui presentait de multiples facteurs de comorbidite associes. Conclusion Le HCoV-HKU1 est le plus frequemment implique dans les infections respiratoires hautes mais peut etre responsable de bronchiolite voire de pneumopathie lorsqu’il existe des facteurs de comorbidite associes. Cette etude souligne l’importance de la detection des infections a HCoV-HKU1 notamment dans les infections respiratoires aigues de l’enfant et sa pertinence dans la pratique clinique et dans la surveillance de l’epidemiologie des infections respiratoires.