Identificación de variantes genéticas asociadas con la densidad mineral ósea (DMO) en el gen FLJ42280

espanolFLJ42280 es un posible gen de susceptibilidad a la osteoporosis. Distintos estudios de GWAs han identificado 4 SNPs no-codificantes en este gen que se asocian a la densidad mineral osea (DMO) y el riesgo de fractura. Para descubrir la causa de la asociacion entre estos SNPs y la osteoporosis, se realizo una busqueda de variantes geneticas mediante resecuenciacion de 28 kb que contienen el gen, en una seleccion truncada de mujeres con DMO muy baja (n=50) o muy alta (n=50) de la cohorte BARCOS (Barcelona Cohorte Osteoporosis, cohorte de mujeres postmenopausicas de Barcelona). Las variantes encontradas se filtraron y se analizo su frecuencia en cada grupo. Se analizo el solapamiento de las variantes con elementos funcionales del proyecto ENCODE y tambien se calculo el desequilibrio de ligamiento entre los SNPs de la region. Finalmente, se hizo un analisis de eQTL de los 4 SNPs no-codificantes respecto a los niveles de expresion de genes cercanos a FLJ42280 en linfoblastos. Se seleccionaron 110 variantes. Las diferencias de sus frecuencias entre los dos grupos estuvieron por debajo del poder estadistico del diseno experimental. Sin embargo, 3 variantes solaparon con posibles enhancers y una solapo con un enhancer activo en osteoblastos (rs4613908). Se observo un fuerte desequilibrio de ligamiento entre los 4 SNPs no-codificantes y el SNP rs4613908, que pertenecen a un bloque que abarca el gen casi por completo. Ninguno de los SNPs no-codificantes mostro asociacion con los niveles de expresion de genes cercanos a FLJ42280. En conclusion, el SNP rs4613908 podria estar implicado funcionalmente en la determinacion de la DMO. Seran necesarios experimentos concretos para confirmarlo. EnglishFLJ42280 is a possible gene for susceptibility to osteoporosis. Different studies of GWAs have identified 4 non-coding SNPs in this gene associated with bone mineral density (BMD) and fracture risk. In order to ascertain the cause of the association between these SNPs and osteoporosis, we searched for genetic variants by resequencing the 28-kb gene, in a truncated selection of women with very low (n=50) or very high BMD (N=50) of the BARCOS cohort (Barcelona Cohort Osteoporosis, cohort of postmenopausal women in Barcelona). The variants found were filtered and their frequency analyzed in each group. The overlap of the variants with functional elements of the ENCODE project was calculated. Finally, an eQTL analysis of the 4 SNPs-coding was performed on the expression levels of FLJ42280 neighbor genes in lymphoblasts. In all, 110 variants were selected. The differences in their frequencies between the two groups were below the statistical power of the experimental design. However, three variants overlapped with possible enhancers and one overlapped with an active enhancer in osteoblasts (rs4613908). A strong linkage disequilibrium was observed between the 4 non-coding SNPs and the SNP rs4613908, which belong to a block spanning the gene almost completely. None of the non-coding SNPs showed association with the expression levels of FLJ42280 neighbor genes. In conclusion, the SNP rs4613908 could