Etude de la décontamination oropharyngée dans la prévention des infections nosocomiales des patients sous ventilation mécanique invasive en réanimation : épidémiologie, pharmacodynamie et génétique de la résistance à la chlorhexidine

Les pneumonies acquises sous ventilation mecanique (PAVM) sont une des premieres causes de morbi-mortalite en reanimation. Les phenomenes de micro-inhalations des secretions oropharyngees en constituent un des principaux mecanismes physiopathologiques. Parmi les pathogenes responsables de PAVM, Escherichia coli est une espece emergente. Cependant, malgre leur incidence croissante, peu de donnees existent quand aux isolats d’E. coli responsables de PAVM.La colonisation oropharyngee est donc une cible cle pour reduire le risque de PAVM, par le biais de la decontamination oropharyngee, dont la chlorhexidine (CHX) est un des agents les plus utilises. Cependant, son efficacite en soins oropharynges est debattue, en raison de la discordance des resultats de differentes meta-analyses. De facon assez surprenante, il n’existe aucune validation microbiologique directe de l’efficacite de la CHX sur la colonisation oropharyngee de patients de reanimation sous ventilation mecanique.Cette these presente un double objectif : decrire les caracteristiques genomiques et phylogenetiques des souches d’E. coli responsables de colonisation respiratoire ou de pneumonie en reanimation, puis aborder les phenomenes contribuant a une eventuelle inefficacite des soins de bouche a la CHX, chez les patients sous ventilation mecanique invasive. Ainsi, dans un premier travail, une cohorte nationale de 307 isolats d’E. coli responsables de colonisation et d’infection respiratoire a ete analysee. Les 260 isolats responsables de pneumonie, non differents de ceux responsables de colonisation respiratoire, etaient compares a des isolats d’E. coli commensaux et responsables de bacteriemies. Les isolats respiratoires, majoritairement de groupe phylogenetique B2, presentaient un profil singulier, avec une sur-representation des sous-groupes III (Stc127) et IV (STc141), une sous-representation du sous-groupe IX (Stc95), et un contenu particulier en facteurs de virulence. Un second travail a permis d’objectiver une diminution de sensibilite a la CHX d’une partie de ces isolats respiratoires d’E. coli, correlee a une resistance aux fluoroquinolones, aminosides, cyclines, et cephalosporines.Dans un troisieme travail, nous avons mis en evidence l’absence d’efficacite microbiologique des soins de bouche a la CHX chez les patients intubes, en partie expliquee par une faible concentration salivaire en CHX, associee a une moindre sensibilite de certains isolats oropharynges a la CHX. L’ensemble de ces donnees permet, d’une part, de definir la specificite des isolats respiratoires d’E. coli, et d’autre part, d’eclairer les mecanismes conduisant a l’inefficacite des soins oropharynges a la chlorhexidine. L’etude des mecanismes de moindre sensibilite a la CHX est en cours, et conduit a envisager, entre autres, un mecanisme d’efflux. Ainsi, ce travail souligne le besoin urgent de developper d’autres methodes visant a prevenir les PAVM.