Contribution du Whole-Genome Sequencing (séquençage de génome entier) dans la détection de transmissions nosocomiales de tuberculose

Introduction Le sequencage du genome complet (WGS) de Mycobacterium tuberculosis (Mtb) prend une importance croissante dans le diagnostic et la recherche sur la tuberculose (TB). En raison d’une resolution superieure par rapport au spoligotypage, au typage MIRU-VNTR et au typage RFLP IS6110 ; le WGS offre une meilleure precision pour identifier les epidemies et les transmissions. Nous rapportons 3 cas de transmission nosocomiale de M. tuberculosis chez des patients transplantes pulmonaires. Materiels et methodes Depuis l’annee 2000, le laboratoire des mycobacteries de notre centre hospitalier realise de maniere systematique le genotypage des souches de Mtb isolees dans notre region par spoligotypage et typage MIRU15. De plus, depuis 2017, il a ete mis en place le WGS systematique des souches de Mtb. Ces methodes nous ont permis de signaler des transmissions inattendues de TB, sans lien epidemiologique prealablement identifie. Resultats Entre 2008 et 2010, 3 chaines de transmission nosocomiale de TB ont ete suspectees grâce a la mise en evidence des isolats de Mtb ayant le meme spoligotypes, ces spoligotypes n’ayant pas ete detectes auparavant par notre surveillance. Les liens epidemiologiques entre les patients precedemment diagnostiques avec la tuberculose et ceux transplantes pulmonaires ont finalement ete devoiles par l’enquete de l’equipe d’hygiene hospitaliere. Plus tard, ces transmissions nosocomiales ont ete confirmees par WGS, montrant une distance genetique de 1 a 4 single-nucleotide polymorphisms (SNP) d’ecart pour le groupe 1, 1 seul SNP d’ecart pour le groupe 2 et 0 SNP d’ecart pour le groupe 3. Par ailleurs, le typage systematique des souches de Mtb isolees dans notre laboratoire a permis l’identification d’une souche dont la transmission perdure. En effet, des isolats presentant le meme genotype que le groupe 1 ont ete retrouve chez 3 autres patients en 2015, 2017 et 2018 respectivement. Conclusion Le genotypage systemique du Mtb est extremement utile pour le controle et la surveillance de la tuberculose, meme dans les etablissements hospitaliers. Les patients tuberculeux (meme faiblement contagieux) ne doivent pas etre pris en charge dans les memes unites ni sur les memes plateformes techniques que les patients fortement immunodeprimes. Des etudes complementaires sont necessaires pour mieux comprendre la chaine de transmission et le succes epidemiologique de l’isolat de Mtb du groupe 1.